A estrutura organizacional da Fundação de Amparo à Pesquisa e ao Desenvolvimento Científico e Tecnológico do Maranhão – FAPEMA é composta pelos seguintes níveis e órgãos:

Nível de Administração Superior
a) Conselho de Administração
b) Diretoria Executiva

Nível de Assessoramento
a) Assessoria de Planejamento e Ações Estratégicas
b) Assessoria Jurídica

Nível de Execução Programática
a) Diretoria Científica

1 – Coordenadoria de Pesquisa e Desenvolvimento Tecnológico
2 – Coordenadoria de Inovação e Empreendedorismo

Nível de Execução Instrumental
a) Diretoria Administrativo-Financeira

1.Divisão de Desenvolvimento de Recursos Humanos
2.Divisão de Direitos, Deveres e Folha de Pagamento
3.Divisão de Material, Patrimônio. Serviços Gerais e Transportes
4.Divisão de Execução Orçamentária e Controle Contábil-Financeiro
5.Divisão de Informática

O Conselho de Administração é o órgão de supervisão superior. Cabe ao Conselho de Administração a orientação geral da Fundação e as decisões maiores de política científica, administrativa e patrimonial. Esse Conselho é constituído pelos seguintes membros:

· Gerente de Estado da Ciência,Tecnologia, Ensino Superior e Desenvolvimento Tecnológico;

· Gerente de Estado de Planejamento, Orçamento e Gestão

· Reitor da Universidade Estadual do Maranhão;

· Diretor Presidente da FAPEMA;

· três representantes escolhidos dentre os pesquisadores que compõem a lista tríplice, a partir da eleição direta organizada pelas instituições públicas ou privada de ensino superior do Estado;
· um representante do setor produtivo; um representante da Sociedade Brasileira para o Progresso da Ciência – SBPC, indicado em lista tríplice de pesquisadores, organizada em eleição direta, pela Secretaria Regional do Maranhão.

A Diretoria Executiva é composta pelos seguintes membros:

· Diretor Presidente;

· Diretor Administrativo Financeiro;

· Diretor Científico.

O Diretor Presidente, o Diretor Administrativo Financeiro e o Diretor Científico são nomeados pelo Governador do Estado. Sendo que o Diretor Científico é escolhido dentre pesquisadores que compõem a lista tríplice, a partir das eleições organizadas pelas instituições de ensino superior do Estado.