O PRONEX destina recursos financeiros a Núcleos de Excelência, que tenham liderança e papel nucleador no setor de sua atuação. Os Núcleos de Excelência são grupos organizados de pesquisadores e técnicos de alto nível, em permanente interação, com reconhecida competência e tradição em suas áreas de atuação técnico-científica, capazes de funcionar como fonte geradora e transformadora de conhecimento científico-tecnológico para aplicação em programas e projetos de relevância ao desenvolvimento do Maranhão. As ações do PRONEX são desenvolvidas em parceria com o CNPq.