A estrutura organizacional da Fundação de Amparo à Pesquisa e ao Desenvolvimento Científico e Tecnológico do Maranhão – FAPEMA é composta pelos seguintes níveis e órgãos:
Nível de Administração Superior a) Conselho de Administração b) Diretoria Executiva Nível de Assessoramento a) Assessoria de Planejamento e Ações Estratégicas b) Assessoria Jurídica Nível de Execução Programática a) Diretoria Científica
1 – Coordenadoria de Pesquisa e Desenvolvimento Tecnológico 2 – Coordenadoria de Inovação e Empreendedorismo Nível de Execução Instrumental a) Diretoria Administrativo-Financeira
1.Divisão de Desenvolvimento de Recursos Humanos 2.Divisão de Direitos, Deveres e Folha de Pagamento 3.Divisão de Material, Patrimônio. Serviços Gerais e Transportes 4.Divisão de Execução Orçamentária e Controle Contábil-Financeiro 5.Divisão de Informática
O Conselho de Administração é o órgão de supervisão superior. Cabe ao Conselho de Administração a orientação geral da Fundação e as decisões maiores de política científica, administrativa e patrimonial. Esse Conselho é constituído pelos seguintes membros:
· Gerente de Estado da Ciência,Tecnologia, Ensino Superior e Desenvolvimento Tecnológico;
· Gerente de Estado de Planejamento, Orçamento e Gestão
· Reitor da Universidade Estadual do Maranhão;
· Diretor Presidente da FAPEMA;
· três representantes escolhidos dentre os pesquisadores que compõem a lista tríplice, a partir da eleição direta organizada pelas instituições públicas ou privada de ensino superior do Estado; · um representante do setor produtivo; um representante da Sociedade Brasileira para o Progresso da Ciência – SBPC, indicado em lista tríplice de pesquisadores, organizada em eleição direta, pela Secretaria Regional do Maranhão.
A Diretoria Executiva é composta pelos seguintes membros:
· Diretor Presidente;
· Diretor Administrativo Financeiro;
· Diretor Científico.
O Diretor Presidente, o Diretor Administrativo Financeiro e o Diretor Científico são nomeados pelo Governador do Estado. Sendo que o Diretor Científico é escolhido dentre pesquisadores que compõem a lista tríplice, a partir das eleições organizadas pelas instituições de ensino superior do Estado.