A estrutura organizacional da Fundação de Amparo à Pesquisa e ao Desenvolvimento Científico e Tecnológico do Maranhão – FAPEMA é composta por:
I – Administração Superior: a) Conselho de Administração; b) Presidente;
II – Unidades de Assessoramento Direto ao Presidente: a) Assessoria de Planejamento e Ações Estratégicas; b) Assessoria Jurídica; c) Assessoria de Comunicação; d) Ouvidoria;
III – Unidades de Suporte Operacional: a) Diretoria Administrativo-Financeira: 1. Divisão de Desenvolvimento de Recursos Humanos; 2. Divisão de Direitos, Deveres e Folha de Pagamento; 3. Divisão de Material, Patrimônio, Serviços Gerais e Transportes; 4. Divisão de Execução Orçamentária e Controle Contábil-Financeiro; 5. Divisão de Prestação de Contas; 6. Departamento de Informática; b) Comissão Setorial de Licitação;
III – Unidades de Atuação Programática: a) Diretoria Científica: 1. Coordenadoria de Pesquisa e Desenvolvimento Tecnológico; 2.Coordenadoria de Inovação e Empreendedorismo; 3. Coordenadoria de Auxílios; 4. Coordenadoria de Bolsa; 5. Coordenadoria de Convênio.