A estrutura organizacional da Fundação de Amparo à Pesquisa e ao Desenvolvimento Científico e Tecnológico do Maranhão
– FAPEMA é composta por:

I – Administração Superior:
a) Conselho de Administração;
b) Presidente;

II – Unidades de Assessoramento Direto ao Presidente:
a) Assessoria de Planejamento e Ações Estratégicas;
b) Assessoria Jurídica;
c) Assessoria de Comunicação;
d) Ouvidoria;

III – Unidades de Suporte Operacional:
a) Diretoria Administrativo-Financeira:
1. Divisão de Desenvolvimento de Recursos Humanos;
2. Divisão de Direitos, Deveres e Folha de Pagamento;
3. Divisão de Material, Patrimônio, Serviços Gerais e Transportes;
4. Divisão de Execução Orçamentária e Controle Contábil-Financeiro;
5. Divisão de Prestação de Contas;
6. Departamento de Informática;
b) Comissão Setorial de Licitação;

III – Unidades de Atuação Programática:
a) Diretoria Científica:
1. Coordenadoria de Pesquisa e Desenvolvimento Tecnológico;
2.Coordenadoria de Inovação e Empreendedorismo;
3. Coordenadoria de Auxílios;
4. Coordenadoria de Bolsa;
5. Coordenadoria de Convênio.